На месте Ханьи существовала минойская Кидония, а её остатки находят в разных частях современного города. После византийских и арабских потрясений Крит оказался под властью Венеции, которая в XIII-XVII веках построила гавань, арсеналы и укрепления. В 1645 году город перешёл к Османской империи; этот период оставил мечети, бани и изменения в кварталах. В конце XIX века Ханья стала столицей критского государства и важным политическим центром острова. После объединения Крита с Грецией она сохранила культурную роль, а во Вторую мировую войну регион стал ареной битвы за Крит. После войны административная столица острова переместилась в Ираклион, однако Ханья развивала образование, портовые службы и туризм. Реставрация набережной и старых кварталов сделала наследие доступным, но не стёрла жилую функцию переулков. Сегодня историческая ткань города соседствует с активным туристическим и университетским центром, а новые находки Кидонии продолжают уточнять древнейший слой этой истории.