Район Ираклиона связан с минойским Кноссом, одним из центров критской цивилизации бронзового века. Сам город развивался как порт древнего Кносса, а в средневековье получил имя Кандия и стал ключевой венецианской опорой Восточного Средиземноморья. После Четвёртого крестового похода Крит отошёл Венеции, а Кандия стала её административной столицей на острове. Венецианцы построили грандиозные стены, арсеналы и морскую крепость; оборона города против Османской империи продолжалась более двадцати лет и завершилась в 1669 году. Османский период оставил свой слой в городской среде и городской архитектуре, включая привычки торговли. После объединения Крита с Грецией в 1913 году Ираклион стал современным административным и транспортным центром острова. Расширение порта, аэропорта и улиц изменило его послевоенный облик. Музей и стены хорошо показывают путь от минойского наследия к портовому городу.