Поселение у Памвотиды существовало с античности, но городская роль Янины особенно усилилась в византийское время, когда здесь появилась укреплённая цитадель. После османского завоевания город стал многонациональным торговым и ремесленным центром: рядом жили христианские, мусульманские и еврейские общины. В конце XVIII - начале XIX века Али-паша превратил Янину в свою резиденцию и перестроил крепостной ансамбль, одновременно развивая торговлю и образование. В 1913 году город вошёл в состав Греции. В XX веке Янина росла как административный и университетский центр Эпира, сохраняя связь с озером и горным окружением. Сегодня слои этой истории читаются не в одном памятнике, а в мечетях, музеях, кварталах крепости и ремесленных коллекциях; прогулка по стенам показывает, как смена властей меняла сам городской ландшафт. Важную роль в городской памяти сохраняют легенды, связанные с островом и двором Али-паши.