Археологические памятники окрестностей Шибеника относятся к глубокой древности, но сам город сформировался как хорватский средневековый центр, а не как продолжение крупной римской колонии. Первое письменное упоминание содержится в грамоте короля Петра Крешимира IV от 1066 года. Поселение росло под крепостью Святого Михаила и получило собственную епархию в 1298 году, что закрепило городской статус. В 1378 году венецианский флот Веттора Пизани разрушил и сжёг Шибеник. В 1412 году город перешёл под власть Венеции, сохранив ограниченное самоуправление. Экономический и художественный подъём XV века воплотился в соборе Святого Иакова: строительство началось в 1431 году, ключевые решения разработали Юрай Далматинец и Никола Фирентинац, а освящение состоялось в 1555-м. Для защиты морского входа в 1540-х годах возвели крепость Святого Николая. В 1646 году, во время Кандийской войны, жители срочно построили укрепления Святого Иоанна и Бароне; в следующем году они помогли отбить крупное османское нападение. После падения Венеции в 1797 году сменялись австрийская и французская администрации, затем город вошёл в Австрийскую империю. В XX веке порт, железная дорога и промышленность расширили Шибеник. Союзная бомбардировка 1943 года разрушила прежнее здание музея. Во время войны 1991 года город выдержал сентябрьские бои и обстрелы. Реставрация собора и крепостей, музейные проекты и культурные сцены превратили оборонительное наследие в основу современной городской жизни.