Окрестности Запрешича лежали у путей между Загребом, Словенией и Хорватским Загорьем; здесь существовали сёла, переправы и феодальные владения. Имение Нови-Двори упоминается как Curia nova в конце XVI - начале XVII века и последовательно принадлежало семьям Зринских, Чикулин, Сермадж, Фештетич и Эрдёди. Владельцы заменяли деревянные строения кирпичными, создавали хозяйственный двор, молотильню, зернохранилище и пейзажный парк. В 1852 году комплекс приобрёл хорватский бан Йосип Елачич. Он благоустроил усадьбу и построил неоготическую часовню Святого Иосифа; после его смерти семейный мавзолей по проекту Германа Болле возвели в 1884 году. Последняя представительница семьи Анка Елачич завещала имение хорватскому народу, и в 1934 году оно перешло в общественное владение. Железная дорога и близость Загреба ускорили рост поселения в XIX-XX веках. После Второй мировой войны индустриализация и пригородная застройка превратили его в часть столичной агломерации. В 1995 году Запрешич получил статус города. Музей Матии Шкурьени вырос из галереи, открытой в зернохранилище в 1987 году. Современные проекты восстановления Нови-Дворов стремятся сохранить одновременно архитектуру, парк и хозяйственную структуру усадьбы.