Котамобагу сформировался в исторической области Монгондо, где поселения и торговые дороги связывали внутренние долины с побережьем Сулавеси. До колониального периода важную роль играли местные правители, родовые связи, земледелие и обмен между деревнями. В голландскую эпоху административные границы и дороги изменили управление регионом, но культурная идентичность Монгондо сохранилась в языке, обычаях и общественных институциях. После независимости Котамобагу развивался как центр услуг, торговли и государственного управления для окружающих районов. В 2007 году он получил статус самостоятельного города, отделившись от округа Боланг-Монгондо. Современная застройка соседствует с рисовыми полями, традиционными мероприятиями и памятниками местной истории. Для путешественника прошлое проявляется не в большом музейном квартале, а в названиях, могилах, общественных зданиях, кухне и разговорах жителей. Природные маршруты дополняют этот культурный слой, показывая связь города с вулканическим и сельским ландшафтом.