Систан был заселён задолго до появления современного Заболя. В IV-III тысячелетиях до нашей эры Шахри-Сухте стал крупным ремесленным и торговым центром на путях между Иранским нагорьем, Центральной Азией и Индом. Позднее бассейн Гильменда входил в разные иранские державы, а местные города зависели от каналов и колебаний воды Хамуна. В сасанидский и раннеисламский периоды Систан сохранял стратегическое значение; средневековые традиции связали его с героями «Шахнаме», прежде всего Рустамом. Политические центры перемещались, поселения страдали от войн, наносов и смены русел. Нынешний город долго называли Систаном, а название Заболь закрепили при Реза-шахе в конце 1920-х годов. В XX веке он вырос как административный, университетский и торговый узел северной части провинции. Засухи и деградация Хамуна в последние десятилетия усилили пыльные бури, миграцию и нагрузку на здоровье. Сегодня город хранит музейные коллекции древней цивилизации, одновременно оставаясь центром современного приграничного района.