Поселения в долине Суфи-Чая существовали задолго до исламского периода, однако особенно заметной Мераге стала в средневековье. В XI-XII веках город развивался при местных династиях Азербайджана; Красный купол 1147-1148 годов показывает высокий уровень сельджукской кирпичной архитектуры. После монгольских завоеваний Хулагу сделал Мераге одной из первых столиц державы Ильханидов. В 1259 году по инициативе Насир ад-Дина Туси на западном холме начали строить обсерваторию с библиотекой, мастерскими и учебными помещениями. Здесь работала международная группа астрономов, подготовившая Ильханские таблицы. Когда политический центр переместился, научный комплекс постепенно разрушился, но город сохранил значение как торговый и сельскохозяйственный узел. Мавзолей Гаффария XIV века напоминает о позднем ильханидском этапе, а музей собирает археологические и художественные свидетельства эпохи. В новое время Мераге росла вокруг садов, базара, железной дороги и переработки сельхозпродукции. Сегодня исторические памятники соседствуют с крупным региональным городом, где главным разговорным языком остаётся азербайджанский тюркский наряду с фарси.