История Алькалы начинается с римского города Комплутум, возникшего на важной дороге в долине Энареса. После распада римского мира поселение переместилось ближе к реке и укреплённому центру; в Средние века здесь соседствовали христианская, еврейская и мусульманская общины. В 1499 году кардинал Франсиско Хименес де Сиснерос основал университет, а в начале XVI века вокруг него создали спланированный квартал коллегий, больниц, типографий и монастырей. Университет сделал Алькалу интеллектуальным центром Испании и повлиял на модель университетских городов в Европе и Америке. В 1547 году в городе родился Мигель де Сервантес, позднее ставший автором «Дон Кихота»; его память закрепилась в доме-музее и ежегодных литературных мероприятиях. В XIX веке университет переехал в Мадрид, часть зданий пришла в упадок, а город получил новую роль в железнодорожной и столичной системе. В XX веке восстановление исторического центра и возвращение университета помогли сохранить коллегии и улицы. В 1998 году университетский и исторический квартал получил статус Всемирного наследия ЮНЕСКО, а сегодня Алькала объединяет живой университет, туризм и обычную жизнь восточного пригорода Мадрида.