Бейт-Шеан стоит на перекрёстке путей, поэтому его история насчитывает разные царства и империи. В библейскую эпоху место было важным поселением, позднее Скифополис вошёл в Декаполис и стал крупным эллинистическим, римским и византийским городом. Землетрясение в VIII веке разрушило значительную часть городской жизни, после чего центр уже не вернулся к прежнему масштабу. Современный город формировался в XX веке рядом с археологическим холмом и сельскохозяйственной долиной. Сегодня соседство обычных кварталов и античной колоннады делает Бейт-Шеан редким примером города, где древняя инфраструктура видна почти сразу за современной улицей. Археологические работы продолжают уточнять картину древнего поселения и его связей с долиной.