Территория современной Миссиссоги находится на землях, связанных с народами Anishinaabe и Mississaugas of the Credit. Европейское поселение и земледелие развивались вдоль озера и реки Кредит, а Порт-Кредит стал важной гаванью и торговой точкой. В XIX-XX веках рядом существовали небольшие поселения, включая Streetsville и Cooksville, позже объединённые в быстро растущий пригородный город. В 1974 году была создана современная Миссиссога, объединившая несколько муниципальных единиц региона Пил. Близость к Торонто, шоссе и аэропорту ускорила рост офисов, жилых кварталов и международных сообществ. Муниципальная идентичность строилась одновременно на старых деревенских центрах и новых автомобильных кварталах. Рост продолжался благодаря миграции, образованию и сервисной экономике региона. Современный центр вокруг Square One сформировался уже в эпоху автомобильного развития. Сегодня город сохраняет исторические места у Порт-Кредита и Стритсвилла, одновременно оставаясь многоязычным деловым центром агломерации.