До возникновения колониального центра нагорье населяли покот и сенгвер, чьи хозяйственные маршруты связывали пастбища, земледельческие участки и соседние рынки. Британская администрация провела дороги и создала окружные посты для контроля северо-западных территорий. В 1952 году, после объявления чрезвычайного положения, были арестованы лидеры Kenya African Union - Джомо Кениата и ещё пятеро политиков. Судебный процесс в Капенгурии завершился обвинительным приговором в 1953 году и стал одним из символов репрессий против движения за независимость. Камеры, связанные с заключёнными, позднее сохранили как мемориальный объект. После независимости город развивался как административный центр округа Западный Покот, обслуживающий школы, здравоохранение и торговлю. В 1993 году музей официально открылся для публики, дополнив политическую историю этнографией покот и сенгвер. После конституционной реформы 2010 года Капенгурия сохранила роль административного центра округа Западный Покот и места окружных институтов.