До испанской колонизации окрестности нижней Magdalena населяли народы Mocaná и другие карибские общины, использовавшие реку, лагуны и морские пути. У Барранкильи нет одной бесспорной даты испанского основания: поселение формировалось из сельских усадеб, речной торговли и свободного населения в XVII-XVIII веках. В 1813 году власти Cartagena дали ей статус villa за поддержку независимости. После ослабления колониальных портовых ограничений город выиграл от доступа к Magdalena и стал воротами внутренней Колумбии. В XIX веке железная дорога к Puerto Colombia и морской пирс позволили обходить сложное устье; сюда прибывали мигранты из Европы, Леванта и Карибских островов. В 1919 году была создана SCADTA, одна из раннейших коммерческих авиакомпаний мира, что укрепило репутацию города как транспортного новатора. Открытие канала Bocas de Ceniza в 1930-е вернуло океанским судам прямой вход в реку. Промышленность, текстиль, химия и строительство расширили агломерацию вместе с Soledad. Carnaval развивался из общественных и религиозных праздников, впитывая африканские формы и традиции коренных народов; в 2003 году UNESCO провозгласила его шедевром, позднее включив в репрезентативный список. Конституционные реформы закрепили статус особого округа. Современная набережная стала новым общественным фасадом, хотя портовые и экологические проблемы Magdalena сохраняются.