Современная Перейра основана в 1863 году на месте поселения, связанного с колониальным Сан-Хорхе-де-Картаго и более ранними маршрутами коренных народов. Новый город быстро рос благодаря переселению из Антьокии, торговле и освоению плодородных склонов. В конце XIX и начале XX века кофе, железная дорога и дороги к долине Кауки сделали его региональным узлом. Землетрясения и перестройки изменили историческую ткань, поэтому отдельные старые здания соседствуют с поздней модернистской застройкой. Во второй половине XX века Перейра расширилась в сторону Доскебрадаса и пригородов, а аэропорт и магистрали усилили её роль в Кофейном регионе. Сегодня город соединяет промышленность, услуги, университеты и агротуризм, сохраняя связь с кофейными хозяйствами Рисаральды. Городские площади и культурные учреждения продолжают обновляться, не стирая память о переселенцах и речных торговых путях. Это наследие заметно в повседневной городской топонимике и региональных праздниках.