До колониального освоения карибское побережье населяли коренные народы, поддерживавшие морские и речные связи. В 1502 году Христофор Колумб высадился на побережье, но современный порт Лимона сформировался значительно позже, особенно после строительства железной дороги к Центральной долине в XIX веке. Экспорт бананов и создание портовой инфраструктуры привлекли рабочие общины с Карибских островов, сформировавшие особую культуру, кухню, музыку и языковое разнообразие. Землетрясения и влажный климат неоднократно меняли городскую застройку. Во второй половине XX века грузовой порт сохранил экономическое значение, а национальные парки и пляжный туризм стали вторым важным направлением региона. Сегодня Лимон сочетает портовую функцию, карибское наследие и роль отправной точки к Cahuita, Tortuguero и южному побережью, не превращаясь целиком в курорт. Железнодорожное и морское наследие остаётся частью памяти города и его современной экономики.