Бондуку вырос на пересечении торговых путей между лесным югом, саванной и государствами нынешней Ганы. С XVII века сюда переселялись торговцы джула, развивавшие исламские школы, ремесло и дальний обмен. Город оказался связан с королевством Гьяман, где важную роль играли аброн. Золото, орехи кола и ткани проходили через местные рынки. В конце XIX века Бондуку оказался в зоне соперничества держав и армии Самори Туре; путешественник Луи-Гюстав Бингер посетил город в 1888 году. Французская власть установилась в последующие годы и изменила административные и торговые связи. После независимости 1960 года Бондуку сохранил роль восточного регионального центра, но основные международные потоки сместились к Абиджану. Сегодня исторические мечети, кварталы и королевские традиции рассматриваются как основа культурного туризма при обязательном уважении к живым религиозным общинам. Региональные культурные программы постепенно документируют наследие старых кварталов для будущих поколений.