Поселение возникло в XVI веке на небольшом возвышении среди заболоченной равнины; название Morón связывают с испанским словом для невысокого холма. Развитие шло медленно до расширения сахарной экономики и железнодорожной сети в XIX веке. Во время войн за независимость к югу проходила укреплённая линия Júcaro-Morón, построенная Испанией для сдерживания мамбисес. Станция превратила город в главный узел северной части региона, связывая плантации, порты и внутреннюю Кубу. В XX веке появились новые кварталы, культурные учреждения и узнаваемая скульптура петуха. Развитие Cayo Coco и Cayo Guillermo усилило транзитную функцию Морона, однако курортная инфраструктура осталась на островах, а город сохранил самостоятельный железнодорожный и сельскохозяйственный характер. Железнодорожная традиция остаётся частью местной идентичности даже в период сокращения пассажирского движения и нестабильного снабжения. Местные учреждения сохраняют документы этой транспортной и сахарной истории.