Название Алоя, вероятно, связано с древним именем Ale у границы ливских и латгальских земель. В источниках местечко впервые упомянуто в 1449 году на землях Унгурпилсского имения; в начале XX века участки начали застраиваться вдоль дороги Валмиера-Айнажи. В 1774-1776 годах возвели нынешнюю лютеранскую церковь, а её орган установили в 1856 году. В 1919 году появились почтово-телеграфный и электрический центры, в 1936 году - станция линии Рига-Руйиена. После реформ Алоя получила статус города 30 января 1992 года. Развитие Алои продолжилось в межвоенные десятилетия: появились мощёные улицы, мастерские, кооперативная молочная промышленность, почта и телефон. В 1936 году поезд связал город с линией Рига-Руйиена, а станция стала заметным ориентиром для окрестных деревень. После советской административной реформы Алоя меняла районную принадлежность и статус, сохраняя роль местного центра. Городской статус 1992 года закрепил современное название, а новый туристический маршрут возвращает железнодорожному коридору общественную функцию.