Паневежис впервые упоминается в 1503 году, когда великий князь Александр пожаловал землю для строительства церкви у Нявежиса. Поселение развивалось по обе стороны реки как рынок и ремесленный центр. В XVIII веке пиары открыли школу, укрепив образовательную роль. После включения в Российскую империю рост ускорили дороги и железнодорожные связи; к концу XIX века здесь жили литовская, польская, еврейская и русская общины. Независимая Литва межвоенного периода принесла промышленность, школы и новую архитектуру. Нацистская оккупация уничтожила почти всю еврейскую общину Паневежиса. В советское время город расширился благодаря заводам и крупным жилым районам. Театр под руководством Юозаса Мильтиниса приобрёл национальную известность и сформировал особую культурную репутацию. После 1990 года часть промышленности сократилась, центр перестраивался вокруг общественных пространств, спорта и культуры. Реконструкция Сянваге вернула реку городской прогулке, а открытие музея Stasys в 2024 году дало Паневежису новую архитектурную и художественную точку притяжения.