История Трошкуная тесно связана с поместьем и бернардинским монастырём. В 1696 году владелец Трошкунайской усадьбы Владислав Сакалаускас пригласил бернардинцев; деревянная церковь появилась в 1698 году. Сначала возвели церковь и монастырь, но храм сгорел в 1743 году, был восстановлен в 1747-м и снова уничтожен пожаром в 1770 году. В 1774-1787 годах по проекту архитектора Мартина Кнакфуса построили нынешнюю каменную церковь Святой Троицы, а в 1803 году её освятил виленский епископ-помощник Давид Пилковский. Каменная колокольня появилась в 1800 году, а U-образное здание монастыря - в 1794-м. В храме находятся старейшие органы Аникщяйского края, собранные в конце XVIII века мастером немецкого происхождения Николасом Янсоном; их декоративная композиция напоминает корону с ангелами и царём Давидом. После Второй мировой войны монастырь национализировали и использовали для хозяйственных нужд. В 1989 году комплекс вернули Паневежской епархии, после чего его начали восстанавливать и приспосабливать для реколлекций и общественных мероприятий; ремонтные работы продолжались и в 2025 году. Сегодня Трошкунай сочетает паломническую архитектуру, музыку, тихий городской маршрут и близость природных объектов Аникщяйского района. Доступ в монастырь и храм нужно согласовывать отдельно.