Кота-Бару был основан как столица Келантана в 1844 году при султане Мухаммаде II; само название обычно связывают с «новым городом» или новой крепостью. Река Келантан и торговые пути поддерживали обмен между внутренними районами, побережьем и тайской границей. Дворцы и мечети закрепляли роль султаната, а рынки и ремесла связывали двор с повседневной экономикой. В годы Второй мировой войны Келантан оказался одним из первых мест японской высадки в Малайе. После войны город продолжил расти как административный и торговый центр, сохранив малайский культурный профиль. Современный туристический квартал объединяет исторические здания, музеи, рынки и площади, построенные в разные периоды. Вне центра остаются деревни, рисовые поля и побережье, где ритм жизни иной. Поэтому Кота-Бару полезно рассматривать как живой город, а не как музейный набор достопримечательностей.