Современный Кота-Кинабалу развивался вокруг гавани на месте Джесселтона, названного в британский колониальный период. Порт и железнодорожные связи сделали его важным пунктом торговли северного Борнео. Во время Второй мировой войны город серьёзно пострадал, а послевоенное восстановление сформировало современную сетку улиц и деловой центр. После образования Малайзии в 1963 году Кота-Кинабалу стал столицей Сабаха и главным административным узлом штата. Рост туризма усилил значение набережной, островных причалов и аэропорта. Одновременно город сохраняет рынки и учреждения, связанные с культурами коренных народов, китайской общиной и малайским побережьем. Природный туризм вокруг города опирается на острова Тунку-Абдул-Рахман, заповедные леса и доступ к горе Кинабалу. Поэтому история города читается через порт, восстановленную городскую ткань и роль региональной столицы, а не через единственный старый квартал. Важные изменения продолжаются и сегодня.