Сандакан стал важным портом благодаря защищённой бухте и торговле лесом, табаком и другими товарами северо-восточного Борнео. В британский период он был столицей Северного Борнео, а порт связывал внутренние районы с морскими маршрутами. Город пережил разрушения Второй мировой войны и послевоенное восстановление; административная столица позднее переместилась в Джесселтон, нынешний Кота-Кинабалу. Вокруг порта сохранялись китайские торговые кварталы, рынки и религиозные здания. В XX веке лесная промышленность и экспорт усилили экономическую роль города, но одновременно сделали важной охрану тропических лесов. Сепилок и соседние природные центры превратили Сандакан в ворота к сохранению орангутанов, медведей и мангровых экосистем. Сегодня городская история видна в портовой набережной и мемориалах, а природная - в организованных выездах. Эти два слоя не стоит смешивать: прогулка по Сандакану не заменяет полноценную поездку в лесной заповедник.