Поселение у двух рек существовало как место обмена и переправы задолго до колониальной администрации. Французские силы заняли Бафулабе в 1880 году во время продвижения к Нигеру, а в 1887-м сделали его центром первого округа французского Судана. Через город проходили управление, речная торговля и раннее колониальное образование; в местной школе учились Фили Дабо Сиссоко и Мамаду Конате, будущие фигуры малийской политики. После независимости административные границы менялись, но город Бафулабе сохранил роль центра округа и речной коммуны. Строительство Мананталинской гидроэлектростанции усилило значение бассейна Бафинга, хотя сама плотина находится далеко от городской черты. Сегодня жизнь зависит от рынка, сезонного транспорта, рыболовства и сельского хозяйства, а исторические здания сохраняются неравномерно. Поэтому город лучше воспринимать как живой речной узел, а не как законсервированный колониальный музей.