По местной традиции Бандиагару основал охотник-догон Нангабану Тембели около 1770 года. В 1864 году Тидиани Талль, преемник Эль-Хаджа Омара Талля, сделал город столицей Тукулёрской империи, превратив его в политический центр внутреннего Сахеля. Позднее французское завоевание включило город в колониальную систему управления, а дороги связали его с Мопти и другими рынками. В XX веке Бандиагара стала важным узлом для исследований, образования и контактов с догонскими общинами. Скалы и плато вокруг города получили международную охрану ЮНЕСКО в 1989 году как живой культурный ландшафт, а не как пустой археологический объект. После 2019 года насилие в регионе повредило деревни, дома и тогуна; проект ЮНЕСКО и ALIPH занимается восстановлением, включая объекты в самой Бандиагаре. Сегодня историческая роль города сохраняется, но доступ к наследию неотделим от безопасности жителей и общин.