Предания Сан связывают основание города с Бакоре Траоре, священным колодцем Карантела, фиговыми деревьями Санторо и прудом Санке. Старое поселение включало кварталы Терала, Койтала, Сантарала и Траорела, объединённые центральной площадью, где позднее выросла Большая мечеть. Общины марка, бобо, бамбара, фульбе и бозо формировали торговые и земледельческие связи региона. Ритуал коллективной рыбалки Санке-мо насчитывает многие столетия и отмечает память основания и начало дождей. При французской колониальной администрации Сан усилил функцию дорожного и районного центра. В 1955 году он получил муниципальный статус ограниченного типа, а в 1966 году стал полноправной коммуной независимого Мали. Развитие рисовых равнин и дорог поддерживало рынок. В 2009 году ЮНЕСКО внесла Санке-мо в список срочной охраны, указав на снижение участия и экологическое ухудшение пруда. Современный кризис безопасности ограничивает внешний туризм, хотя местные хранители продолжают традицию.