Заббар вырос вокруг древнего сельского поселения и приходской общины, посвящённой Богоматери Милостей. В 1565 году на этой территории располагался лагерь османских войск во время Великой осады Мальты, а после укрепления рыцарского государства юго-восточные дороги стали частью оборонительной системы. В 1615 году Заббар получил статус прихода, что укрепило его религиозную и общественную роль. 14 сентября 1797 года великий магистр Фердинанд фон Хомпеш возвёл деревню в город и присвоил ей имя Graziosa Città Hompesch; в память об этом появилась триумфальная арка на дороге через Фгуру. Во время восстания против французов в 1798-1800 годах город стал базой мальтийских повстанцев, а бой у святилища оставил следы в виде французских ядер, сохранившихся в стенах и церковном музее. В XX веке Заббар расширился жилыми кварталами, но сохранил приходскую идентичность, приходские праздники и клубы духовых оркестров. Сегодня город сочетает спокойный быт, религиозное наследие и близость к юго-восточному побережью.