Наксар сформировался на месте древних поселений: вокруг города найдены пещеры, археологические следы бронзового века, пунические могилы и катакомбы Салины и Магтаба. Приход Наксара относится к старейшим на Мальте и упоминается в 1436 году, а позднее его церковная территория охватывала соседние деревни. Нынешняя приходская церковь строилась в 1616-1630 годах по проекту Томмазо Дингли, затем хор перестраивал Лоренцо Гафа. При рыцарях север острова укрепляли башнями, траншеями и батареями: Та-Капитан, Гаучи, Галлиса и Кале́т-Марку связаны с защитой дорог и бухт. В XIX-XX веках к старым кварталам добавились школы, дороги и жилые районы, а дворец Пари́зио превратился из частной резиденции в заметный объект посещения. Сегодня Наксар соединяет древнюю археологию, приходскую традицию и оборонительный ландшафт, который выходит далеко за пределы главной площади.