До современной застройки территория Сан-Гванна была сельской зоной с плодородными долинами, фермами и дорогами между Наксаром и побережьем. Древние колеи у Санта-Андрия свидетельствуют о деятельности людей ещё до пунического периода, а римские гробницы и цистерны показывают продолжение хозяйственной жизни. Башня Та-Сьеда относится к позднеримской оборонительной системе, а средневековые названия местностей напоминают о меняющихся общинах. При рыцарях Святого Иоанна появились часовни, укреплённые фермы и башня Ланзун; в 1798-1800 годах возвышенность Гаргар использовали мальтийские войска против французов, а ферма Та-Шинди стала штабом капитана Винченцо Борга. После Второй мировой войны город быстро вырос, и в 1990-е получил отдельное местное управление. Сегодня Сан-Гванн соединяет археологические следы, жилую Мальту и зелёные коридоры, которые ещё можно найти между дорогами.