Поселение связано с источниками Сиди-Меллук и оборонительной касбой, которую обычно относят к эпохе султана Мулай Исмаила и укреплению восточных рубежей. Стены и ворота контролировали дорогу между внутренними районами и Ориенталем, а рынок связывал земледельцев, скотоводов и городских торговцев. Французский протекторат добавил административные и транспортные структуры, изменив масштаб старого поселения. После независимости Эль-Аюн вошёл в современную систему провинции Таурирт и сохранил роль дорожного и сельскохозяйственного центра. В XXI веке касба получила статус национального исторического наследия, а обсуждение её восстановления стало частью городской повестки. Сегодня рядом существуют старые стены, вокзал и новые кварталы, поэтому город лучше читать как живую переходную среду, а не как законсервированный памятник.