На карте 1884 года на месте современного города отмечалось поселение Кизил, но собственно история Штефан-Водэ начинается с 1909 года, когда здесь основали немецкую колонию. Колонисты осваивали степную землю, строили дома и формировали улицу вокруг ручья. К 1930 году большинство жителей составляли немцы; во время Второй мировой войны их выселили, и поселение опустело. После войны территория включилась в советскую сельскохозяйственную систему, появились новые учреждения, дороги и предприятия. В 1960-е годы населённый пункт получил статус районного центра, а в 1991 году был переименован в Штефан-Водэ в честь молдавского господаря. В 1995 году в городе установили памятник Штефану Великому. Постепенно сформировались Дом культуры, школы, спортивные площадки и современная площадь. В независимой Молдове город развивает культурные фестивали, общественные пространства и связь с винодельческой зоной «Ștefan Vodă». Парк «Кизил» напоминает о старом названии и используется в планах летнего театра. Таким образом, местная история проходит путь от немецкой колонии через военную эвакуацию к многофункциональному районному центру.