Поселение Бейра возникло в 1887 году у старой португальской военной позиции и получило название в честь наследного принца, носившего титул принца Бейра. С 1891 года город развивала Companhia de Moçambique, управлявшая центральной частью колонии. Естественная роль порта усилилась после строительства железной дороги к территории нынешнего Зимбабве: через Бейру пошли грузы из внутренней Африки. В первой половине XX века осушались заболоченные участки, формировались широкие проспекты и административные кварталы. Новый вокзал, завершённый в 1966 году, выразил модернистские амбиции позднего колониального периода. После независимости в 1975 году порт и коридор сохранили национальное значение, но гражданская война нарушала сообщение с внутренними районами. Мирное соглашение 1992 года позволило восстановить торговлю. В марте 2019 года циклон Идай разрушил значительную часть зданий и инфраструктуры Бейры, вызвал наводнение и гуманитарный кризис. Последующие проекты укрепляют дренаж и береговую защиту, однако низкое положение продолжает определять повседневную жизнь. История города читается одновременно в соборе, вокзале, портовых сооружениях и следах восстановления.