Устье и нижнее течение реки Бонс-Синайс были частью торговых сетей Индийского океана задолго до европейского контроля. Португальцы закрепились здесь в XVI веке и назвали реку «Добрыми знаками», связывая её с путешествием Васко да Гамы. Поселение развивалось как торговый пункт для золота, слоновой кости, рабов и сельскохозяйственных товаров внутренних районов Замбезии. Со временем здесь укрепились португальские земельные владения-празуш и миссионерские учреждения. В XIX веке Келимане получил статус города и стал важным портом экспорта копры и чая. Старый собор у реки и отдельные торговые здания напоминают об этом периоде. Железные и автомобильные дороги позднее изменили грузовые потоки, а заиливание речного подхода ограничило значение порта. После независимости Мозамбика в 1975 году город сохранил роль провинциальной столицы. Гражданская война нарушила сельские связи и усилила приток жителей. В мирные десятилетия Келимане рос как центр образования, торговли и переработки сельхозпродукции. Циклоны и наводнения неоднократно повреждали инфраструктуру, поэтому современная история города неотделима от адаптации к воде. Культурная жизнь, кухня и карнавал поддерживают собственную идентичность Замбезии.