История Бирни-Нгауре связана с формированием местного кантона в долине Даллол-Боссо. По рассказам, поселение основал около 1700 года Али Анна, назвав место Гаруре; позднее сюда влияли перемещения туарегов, фульбе и земледельческих общин. В колониальный период город вошёл в административную систему Французского Нигера, а после независимости сохранил роль центра Бобойе. В XXI веке традиционный институт кантона продолжает участвовать в общественной жизни, хотя основные решения принимает современная администрация. Судьба города по-прежнему зависит от дождей, урожая, состояния долины и дорог. Поэтому местная история постоянно переплетается с природными циклами и доступностью сельских поселений.