Территория Гомбе была населена разными земледельческими и скотоводческими сообществами, прежде чем в начале XIX века походы фульбе сформировали эмират в системе халифата Сокото. Первоначальные политические центры эмирата располагались не точно в современном городе, а власть постепенно перемещалась вместе с меняющейся безопасностью и торговыми путями. Британское завоевание в начале XX века включило область в Северную Нигерию и сохранило эмира в механизме косвенного управления. Железнодорожное и автомобильное сообщение усилило коммерческую роль поселения, через которое шли зерно, хлопок, скот и другие товары саванны. После независимости Гомбе входил в более крупные административные образования, включая штат Баучи. В 1996 году при создании отдельного штата Гомбе город стал его столицей. С тех пор расширились правительственные кварталы, образование и услуги, но регион продолжает испытывать давление конфликтов северо-востока.