Чинандега сформировалась на землях коренных общин западной Никарагуа, а её название связывают с языками региона и поселением у важных сельскохозяйственных путей. В колониальную эпоху вокруг прихода и торговых дорог развивалось производство индиго, скота и зерна. Город переживал землетрясения и конфликты, но сохранял значение как узел между Леоном, портом и северной границей. В XIX-XX веках сахарные плантации, железнодорожные связи и порт Коринто ускорили экономический рост, а Чичигальпа стала известна производством рома. Вулкан Косигуина пережил катастрофическое извержение 1835 года, пепел от которого разнёсся по Центральной Америке и стал частью местной памяти. Рядом с городом развивались рыболовство, солеварение и сельские поселения, поддерживая торговлю и сезонную занятость. Торговые дороги и портовые связи также связывали фермеров с рынками соседних департаментов. Сегодня Чинандега сочетает региональную торговлю, культурные учреждения, индустриальное наследие и охраняемые природные территории.