Сомото развивался как горный центр северной Никарагуа на торговых дорогах между Леоном, Эстели и Гондурасом. В регионе жили коренные общины, а колониальная администрация закрепила город как центр религиозной и торговой жизни. Долгое время каньон был известен местным жителям и сельским проводникам, но широкое внимание к нему пришло после геологических исследований начала XXI века. В 2006 году каньон объявили национальным памятником за гидрологическое, геологическое и туристическое значение. Современная история Сомото связана с развитием общинного туризма, охраной реки Коко и приграничной экономикой.