До нынешнего названия местность была известна как Тапуа. Муниципалитет связывает её раннюю историю с речным портом, через который происходили контакты коренных жителей и испанских колонистов в районе будущего Асунсьона. Официальное основание города относится к 1 февраля 1785 года: Педро Мело де Португал назвал поселение Сан-Хосе-де-лос-Кампос-Лимпиос-де-Тапуа. Со временем длинное название сократилось до Лимпио. Река продолжала влиять на хозяйство: через Пикете-Куэ велась торговля, связанная с местными предприятиями. При этом многие кварталы долго сохраняли сельскохозяйственный характер. Позднее близость к Асунсьону ускорила урбанизацию части территории, тогда как другие районы остались менее плотными. Сегодня исторические слои видны не в едином музейном ансамбле, а в старой церкви Сан-Хосе, немногих сохранившихся домах, памяти о порте и продолжающемся ремесле из карандая.