Первые письменные свидетельства о Santa Comba относятся к 974-975 годам, когда земли Santa Columba и соседнего Treixedo передавались монастырю Lorvão. После опустошений Реконкисты монастырь в 1102 году выдал жителям Santa Comba и Treixedo грамоту, рассчитывая вновь заселить территорию. В течение Средневековья за владение городом спорили Lorvão и епископство Coimbra; в 1472 году епископ ещё именовал себя графом Санта-Комба-Дан. Реформа королевских forais при Мануэле I в 1514 году изменила административное положение и закрепила местные права. Поселение развивалось благодаря воде, лесу, земледелию и дорогам, которые связывали Beira Alta с соседними районами. В центре возникали приходские церкви, мельницы и мосты; часть этих объектов сохранилась в современных freguesias. В XIX веке административные изменения присоединили к муниципалитету Óvoa, Couto do Mosteiro, Pinheiro de Ázere и São João de Areias. Железная дорога стала важным элементом нового сообщения, а станция у Vimieiro связала местных жителей с линией Beira Alta. После закрытия старого железнодорожного участка до Viseu его полотно переосмыслили: в 2011 году открылась Ecopista do Dão, превратившая насыпи, мосты и остановочные пункты в зелёный маршрут. Строительство Barragem da Aguieira изменило долины Dão и Mondego и создало новые водные пейзажи, включая Senhora da Ribeira. В XXI веке муниципалитет продвигает пешие и велосипедные маршруты, но исторический центр сохраняет средневековую структуру и церковное наследие. Санта-Комба-Дан рассказывает о себе через монастырские документы, реки и железную дорогу.