В середине XVIII века местность относилась к curato de Gotera и была небольшой ranchería. В 1743 году перуанец Manuel Díaz основал здесь hacienda Санта-Роса-де-Лима, назвав её в честь покровительницы Lima; рядом с ручьём он поставил дом и ermita, вокруг которых постепенно выросло поселение. 12 декабря 1757 года Marqués de Albornoz официально основал pueblo, а Manuel Díaz стал первым мэром. Стихийное бедствие октября 1762 года почти разрушило молодую общину, но положение на плодородных землях и выращивание añil и зерновых помогли ей восстановиться. В 1770 году здесь оставалось всего 16 жителей в шести семьях, однако к 1807 году население выросло примерно до 1 100 человек. После независимости Santa Rosa входила в департамент San Miguel, в 1857 году получила титул villa, а 22 июня 1865 года перешла в новый департамент La Unión. В 1881 году стала административным центром округа San Antonio del Sauce, а 9 февраля 1883 года получила статус ciudad. Название Санта-Роса-де-Лима закрепили официально в 1954 году. В XX веке город усилил торговую и транспортную роль, а добыча золота в окрестностях добавила промышленный слой к аграрной экономике. После реформы 2024 года Санта-Роса-де-Лима стала районом муниципалитета La Unión Norte.