Гуасапа имеет доколониальное происхождение и связывается с поселением пипиль; в источниках встречаются разные толкования названия, связанные с водой, птицами или guaces. В колониально-республиканский период город менял административное подчинение: после 1824 года относился к San Salvador, в 1835 году перешёл к Suchitoto и позднее входил в разные округа, включая Apopa и Tonacatepeque. В конце XIX века здесь развивались сельское хозяйство, дороги и образование; источники фиксируют школы в окрестных долинах и постепенное укрепление городского ядра. 15 июля 1918 года Гуасапа получил титул ciudad при президенте Carlos Menéndez. Город стоит между Río Guazapa, Río Acelhuate и холмистым массивом, который определяет его пейзаж. В 1970-1980-е годы Cerro Guazapa стал одним из главных театров гражданской войны Сальвадора: на склонах проходили бои, существовали лагеря, укрытия и маршруты перемещения, а мирное население переживало бомбардировки и перемещения. После войны местные сообщества начали переосмысливать территорию через экологические и исторические прогулки, не скрывая травматического прошлого. В 2018 году Гуасапа был символически объявлен столицей республики на один день, что подчеркнуло его национальную историческую память. В 2024 году город стал районом San Salvador Norte, объединённого муниципалитета, но сохранил собственную городскую идентичность и районные службы.