Первоначальное название Армении - Гуаймоко, топоним науа, который переводят по-разному: как место больших деревьев, путь к святилищу или место поклонения лягушкам. Поселение имеет доиспанское происхождение; к 1550 году в Гуаймоко насчитывалось около 1200 жителей, а его жители-пипили выращивали какао, бальзам, кукурузу, перец и фасоль. В колониальный период местность входила в Alcaldía Mayor de Sonsonate и сохраняла значение сельскохозяйственного центра. В 1824 году её присоединили к департаменту Сонсонате. После муниципального отчёта 6 сентября 1859 года закрепилось название San Silvestre Армения; землетрясение 8 декабря того же года разрушило часть домов. 22 февраля 1881 года Армения получила титул виллы, а 9-10 сентября 1919 года Законодательное собрание присвоило ей статус города. Регулярная сетка центра сформировалась вокруг парка и приходской церкви, а сельская территория была разделена на кантоны и касерио. В XX веке город переживал землетрясения, перестройки и смену хозяйственной специализации, но сохранял роль местного торгового центра. Здесь родилась поэтесса Клаудия Ларс; в 1997 году место её рождения объявили историческим объектом национального значения. Память о Консуэло Сунсин де Сент-Экзюпери добавила международный культурный сюжет. В 2023 году закон о реорганизации муниципалитетов преобразовал прежнюю Армению в район Sonsonate Este. Сегодня город сочетает пипильское и колониальное наследие, литературную память, приходские праздники и повседневную жизнь западного Сальвадора.