Поселение на месте Свети-Николе имеет античные и неолитические археологические следы. Согласно муниципальному историческому очерку, ранняя застройка находилась северо-восточнее нынешней церкви Святого Стефана, но в конце III века до нашей эры её перенесли к правому берегу Светиникольской реки из-за болотистой почвы. В средневековых источниках Овче-Поле упоминается как область и укреплённое поселение; в 1292 году здесь появилась церковь Святого Николая, вероятно на месте более старого храма. В османском кадастровом дефтере 1570 года населённый пункт записан как Исви Никола: две махалы и отдельное село насчитывали около 317 семей. Евлия Челеби во второй половине XVII века различал Овче-Поле и Килисали, то есть поселение у церкви. В XIX столетии получение разрешения на рынок ускорило рост ремесла и торговли, а храм 1847 года стал одним из материальных свидетельств этого перехода. К 1900 году город насчитывал около 2500 жителей. В XX веке общественная жизнь переместилась к муниципальным учреждениям, школе, библиотеке и культурному дому; музейная коллекция возникла в 1981 году, а в 1994-м учреждение получило статус Народного музея. Реконструкция старого административного здания завершилась в 2002 году. Сегодня Свети-Николе соединяет древние археологические слои, христианское наследие Овчеполья и современную роль небольшого регионального центра.