На территории Биннингена найдены свидетельства бронзового века, в том числе известная золотая Биннингенская шпилька из женского захоронения. Муниципальная хроника также упоминает римские следы у Florastrasse, но существование конкретной усадьбы там выводится из находок, а не подтверждено целиком раскопанным зданием. Название Биннинген впервые встречается в императорском документе 1004 года. Примерно в 1293 году у Бирзига возвели водный замок; после поджога 1409 года его восстановили в 1414-1415 годах. В эпоху Реформации права базельского епископа над селением перешли под управление города Базеля. В 1833 году, после разделения кантонов, Биннинген окончательно вошёл в Базель-Ланд. Местное производство кирпича использовало глину долины; с середины XIX века индустриализация привлекала рабочих и меняла сельскую планировку. Около 1900 года появлялись фабрики и новые жилые кварталы, а во второй половине XX века община стала частью городской агломерации. Замок с 1960 года принадлежит муниципалитету; сейчас его используют как ресторан и гостиницу. Для охраны Херцогенматт в 1979 году создали местный фонд, действующий вместе с общиной и партнёрами. Так исторические ориентиры старой деревни сохранились внутри современного пригорода.