История Муттенца начинается задолго до современного кантона: археологические находки показывают присутствие людей от неолита и бронзового века, а на Вартенберге существовали укреплённые поселения и наблюдательные пункты. Римский период оставил следы усадеб и сторожевых сооружений, связанных с близостью Augusta Raurica. В письменных источниках поселение появляется в 793 году под именем Methimise, затем встречаются формы Mittenza и Muttence. Средневековый Вартенберг развивался как комплекс трёх замков, контролировавших возвышенность и пути между Рейном и плато Юры. Церковь Святого Арбогаста постепенно получила оборонительную стену, которая защищала жителей деревни и сегодня остаётся редким свидетельством такого устройства в Швейцарии. В раннее новое время Муттенц сохранял сельский характер, но экономически зависел от Базеля, ремесла, торговли и земледелия. XIX и XX века принесли железную дорогу, рост населения и промышленные предприятия, особенно после включения региона в базельскую агломерацию. При этом историческое ядро не исчезло: его планировка, церковь и крестьянские дома стали объектами охраны и музейного рассказа. В 1983 году усилия по сохранению исторической застройки были отмечены премией Ваккера. Сегодня Муттенц объясняет свою историю через музеи, аудиогиды, руины и живую городскую среду, где старое село соседствует с современной инфраструктурой.