История Айнзидельна начинается с монаха Майнрада, который около 835 года ушёл в так называемый Тёмный лес и устроил келью на месте будущего аббатства. В 861 году его убили двое грабителей; легенда рассказывает, что вороны отшельника помогли обнаружить преступников. В 934 году Эберхард основал здесь бенедиктинский монастырь, а в 948 году освятили раннюю церковь. Предание об ангельском освящении Gnadenkapelle стало основой праздника Engelweihe. С XIV века документировано массовое паломничество, а позднесредневековая статуя Богоматери постепенно стала знаменитой Чёрной Мадонной: дерево потемнело от копоти свечей и ладана, а в 1803 году лицо и руки окрасили в чёрный цвет. Монастырь владел землями, развивал школу, библиотеку, скрипторий и хозяйства, а посёлок рос за счёт приютов, торговли и ремёсел для паломников. Нынешний ансамбль в основном возвели в 1704-1735 годах по планам монаха-архитектора Каспара Моосбруггера; фрески и лепнину церкви создали братья Азам. В 1798 году французское вторжение прервало монастырскую жизнь, община покинула обитель, а часть святынь и имущества пострадала. После Акта посредничества монахи вернулись в 1803 году. В XIX столетии железная дорога усилила поток посетителей, а издательство Benziger превратило религиозную печать и графику в международную отрасль. Строительство плотины и заполнение Зильзе в 1930-х годах преобразили восточную часть округа, создав крупнейшее водохранилище Швейцарии. После Второй мировой войны община достигла максимальной численности, а в 1947 году Ватикан подтвердил статус территориального аббатства. Сегодня монастырь остаётся действующим религиозным, образовательным и культурным центром, а округ сочетает паломничество с музейным и природным туризмом.