Название Кройцлингена связано с августинским монастырём crucelin, который епископ Ульрих I Констанцский основал в 1125 году у ворот епископского города. Вокруг монастыря и деревень Эммишофен, Эгельсхофен и других поселений формировалась территория современного города. Виноградники на швейцарском берегу Рейна и Боденского озера упоминаются документально уже в 850 году; в XVIII-XIX веках склоны вокруг Кройцлингена были почти сплошь заняты лозами. В XIX веке болезни винограда и вредители почти уничтожили это хозяйство. Железнодорожные связи и пароходное движение на озере изменили региональную мобильность, а близость Констанца оставалась определяющей. После Второй мировой войны город рос как швейцарский приграничный центр с образованием, торговлей и промышленностью. Монастырский ансамбль, базилика Святого Ульриха, усадьбы и музейные коллекции сохраняют старые слои истории, тогда как Seeburgpark и берег делают озёрную географию доступной современному посетителю. Сегодня город объединяет образовательные учреждения, торговлю, промышленность и культурные площадки на швейцарской стороне границы.