Раннее развитие Линчёпинга связано с переправой через Стонгон и плодородными землями Эстергётланда. В XI-XII веках здесь укрепился церковный центр, а первая каменная предшественница нынешнего собора существовала уже в романский период. Епископская резиденция и собор сделали поселение важным местом управления и образования, а городская печать впервые засвидетельствована документом 1300 года. В Средние века вокруг церковного ядра развивались торговля и ремесло, а замок служил епископским хозяйством и позднее королевской крепостью. Реформация 1527 года изменила положение епископства: католический епископ Ганс Браск покинул город, а церковные владения перешли под королевский контроль. После битвы при Стонгебру в 1598 году Линчёпингский замок оказался связан с политическим кризисом, завершившимся казнями советников в 1600 году. В XVII-XVIII веках город сохранял роль административного и военного центра, хотя оставался небольшим. В XIX столетии железная дорога, торговля и новые школы ускорили рост, а в 1863 году сформировалась современная муниципальная структура. В 1937 году в Линчёпинге разместили производство самолётов, позднее связанное с Saab, и авиация стала важнейшей частью местной экономики. В 1970-х годах развился Linköping University, вокруг которого выросли научный парк и технологические предприятия. Сегодня старый соборный квартал, деревянный музей и авиационные коллекции показывают разные этапы превращения епископского города в исследовательский и промышленный центр.