Следы поселений у Нючёпингсона относятся ещё к бронзовому веку, а средневековый город сложился в XII-XIII веках вокруг гавани, церквей и укрепления. Название встречается на монете около 1230 года. Крепость Нючёпингсхус стала одной из королевских резиденций и местом Нючёпингского пира 1317 года, завершившегося пленением герцогов Эрика и Вальдемара их братом, королём Биргером. В 1396 году здесь приняли Нючёпингский рецесс, подготовивший создание Кальмарской унии. Герцог Карл, будущий Карл IX, в XVI веке перестроил крепость в ренессансный дворец. Пожары 1632 и 1665 годов уничтожили значительную часть деревянной застройки, после чего улицы выпрямили. В 1719 году русская галерная эскадра снова сожгла город; уцелели отдельные каменные и культовые здания. XVIII-XIX века принесли латунное, текстильное, бумажное и машиностроительное производство. В XX столетии Нючёпинг был связан с мебелью Nordiska Kompaniet, автомобилями ANA/Saab и авиакрылом F11 на Скавсте. Закрытие военной базы сменилось развитием гражданского аэропорта, а бывшие производственные и портовые зоны получили культурные и жилые функции.