Следы людей на территории нынешней коммуны относятся к глубокой древности, а в округе сохранились памятники бронзового века и викингов. Сам Энчёпинг вырос в Средние века как торговый город там, где воды Меларена встречались с сухопутными путями по Энчёпингсосен; францисканский монастырь появился в 1275 году. После пожара 1799 года значительная часть регулярного деревянного города была перестроена по сетке улиц. До начала XX века важными занятиями оставались ремесло, торговля и выращивание хрена, затем выросла механическая промышленность, в которой заметную роль играл Bahco. Железная дорога и гавань усилили связи города с регионом. В XX веке город также стал заметным военным центром: после Второй мировой войны сюда пришёл танковый полк P1, позднее его сменил полк связи, развившийся в нынешний Ledningsregementet. Этот слой истории объясняет, почему в городе соседствуют купеческое прошлое, производство и государственные функции.